Desa Beji awalnya merupakan tempat sumber air yang digunakan pada zaman Sunan Kalijaga. Pada saat beliau sampai di desa ini, beliau mampir sejenak untuk meminum air yang ada di salah satu rumah warga. Adapun karena sumber air yang ada di sumur warga itu sangat jernih, maka oleh Sunan Kalijaga tempat ini dinamakan “Beji,” yang artinya sumber air yang jernih.